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1、南京大學是直屬國家教育部的重點綜合性大學，國家首批“211工程”建設高校，“985工程”重點建設高校，也是國內辦學歷史最悠久的高等學府之一。坐落在鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的六朝古都南京。
2、東南大學是中央直管、教育部直屬的全國重點大學，是國家“985工程”和“211工程”重點建設的大學之一。學校座落在歷史文化名城南京，主校區位于四牌樓2號，是六朝宮苑的遺址，也曾是明朝國子監所在地。
3、南京農業大學坐落于鐘靈毓秀、虎踞龍蟠的古都南京，是一所以農業和生命科學為優勢和特色，農、理、經、管、工、文、法學多學科協調發展的教育部直屬全國重點大學。
還有南京航空航天大學 、南京理工大學、河海大學、中國礦業大學、南京郵電大學、蘇州大學、南京財經大學、南京工業大學、江南大學、南京師范大學等。
