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主體不同、位置不同、臨近車站不同。
1、主體不同：深圳機場站，位于中國廣東省深圳市寶安區，是中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄的鐵路車站，途經該車站的是穗深城際鐵路。深圳機場北：位于中國廣東省深圳市寶安區，當前是穗深城際鐵路上的一座車站，隸屬中國鐵路廣州局集團有限公司（廣州鐵路局）管轄。
2、位置不同：深圳市寶安區航城街道深圳寶安國際機場西北部（T4航站樓地下），深圳機場北：車站與深圳機場T3航站樓和深圳地鐵11號線機場站之間300多米的聯絡通道已經實現貫通，穗深城際通車之后，將能方便地從深圳機場站進入到T3航站樓或換乘深圳地鐵。
3、臨近車站不同：穗莞深城際深圳機場站：上行：福海西站。下行：深圳機場站。深圳機場北：上行：深圳機場北站。下行：西鄉站。
