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5s和se電池容量的差別：iPhone 5S電池容量為1560mAh、5.45Whr、3.8V；iPhone SE電池容量為1642mAh、5.96Whr、3.8V。iPhone 5s和iPhone se的電池容量和功率是不一樣的。相比較iPhone 5s中的電池，se的電池功率有小幅提升。電池尺寸方面并未增加，蘋果公司通過升級技術來提升了容量，且se的電池由中國廠商德賽電池提供。
電池接口的差別：蘋果5s和蘋果5se電池并不能通用，因為接頭不同、容量也不同、會折損機器壽命。
電池性能的差別：由于5s使用的是28nm制程工藝的A7處理器，而se使用的是14/16nm制程工藝的A9處理器，相比5s，se有著更出色的能耗比。在A9處理器強勁的性能支持下，iPhone SE用戶在長時間開啟省電模式下可以獲得更長的續航時間。
對5s和se的電池進行續航能力測試，在日常應用中，同樣進行視頻錄制、通話、拍照等事項后，5s的表現不如se，并且差距極為明顯。
為了使5s和se的電池獲得較長的使用時間，以及長久的續航性能，需要注意以下事項：
首沖，充滿即可，不必充12小時；
電池在任何電量下其實都可以充電，對電池影響不大；
每周有一次完全的放電和充電過程為佳；
電池均有過沖保護功能，但仍然建議手機充滿電后拔掉；
當電池充電到100%的時候，此時拔掉充電器是最佳時機，如果繼續再充電，也不會繼續向電池儲存電量，觸發電池保護芯片的過充保護功能，電源已經無法再向電池充電，接下來的時間就進入了電池消耗階段。所以電池電量充到100%滿格時是電量最充足的時刻，因此沒有必要多充電或者長時間充電；
當手機提示電量過低時，應及時結束通話，或者不要繼續玩手機游戲。此時需要立即充電，這樣可以更好地保養電池的壽命。
