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作廢的發票認證了按以下規定處理：作廢發票抵扣憑證審核系統會通知購貨方主管稅務機關進行協查，購貨方主管稅務機關會通知購貨方作進項稅額轉出處理，并將協查結果回復給開票方主管稅務機關，開票方重新開發票。
國家稅務總局關于修訂《增值稅專用發票使用規定》的通知：第二十五條用于抵扣增值稅進項稅額的專用發票應經稅務機關認證相符（國家稅務總局另有規定的除外）。認證相符的專用發票應作為購買方的記賬憑證，不得退還銷售方。
按照現行增值稅發票管理規定，需要同時具有下列情形的，才符合規定的增值稅專票作廢條件：
1、收到退回的發票聯、抵扣聯時間未超過銷售方開票當月。
2、銷售方未抄稅(所稱抄稅，是報稅前用ic卡或者ic卡和軟盤抄取開票數據電文)并且未記賬。
3、購買方未認證或者認證結果為“納稅人識別號認證不符”、“專用發票代碼、號碼認證不符”。
